Die rund 126.7 km Kanalsysteme bestehen in der Regel aus einer befestigten Sohle sowie einer bis auf die Mittelwasserkote hinaufreichenden Böschungssicherung. Trotz des sehr schlechten Baugrundes in ausgedehnten Torf- und Lehmböden kann somit der Unterhalt vom Gewässer auch sichergestellt werden. So werden ausserhalb der Vegetationsperiode in der Regel beide Böschungen von Hand gemäht. Das Mähgut wird an der Böschungsoberkante zum Austrocknen deponiert und im Frühjahr abtransportiert. Der auf der Betonsohle abgelagerte Schlamm wird in einem zweiten Schritt entfernt, so dass der ungehinderte Abfluss für die nächste Vegetationsperiode wieder hergestellt ist. Die kleinen Kanäle werden jährlich gemäht und entschlammt.
Nur die grössten Hauptvorfluter wie der F-Kanal unterhalb von Benken oder die Alte Linth in Tuggen haben keine Sohlensicherung, sondern auf weiten Strecken eine natürliche Sohle. Da die Hauptvorfluter ganzjährig einen hohen Wasserstand aufweisen, werden sie maschinell von den jeweiligen Ufern aus unterhalten. Insbesondere die seitlichen Böschungswulste und Einwachsungen über der Steinwuhre sowie der Schlamm werden mit dem betriebseigenen Mistkran entfernt. Die Zeitintervalle für den maschinellen Einsatz variieren stark und liegen zwischen drei und zehn Jahren.
Im gesamten Beizugsgebiet von 4'272 ha sind rund 2'300 ha drainiert, das heisst, das landwirtschaftlich genutzte Land ist mittels Drainageleitungen entwässert. Aneinandergereiht ergäbe das Drainagenetz eine Leitung von mehr als 2'000 km Länge, was der Distanz zwischen Uznach und Moskau entspricht. Die Leitungen werden durch den Eintrag von Feinanteilen mineralischer Böden und durch die Zersetzungsprodukte bei der Mineralisierung der Torfböden unterschiedlich schnell und stark verstopft und büssen dadurch ihre Funktion ein. Folgen davon können nach einigen Jahren Wiedervernässungen des landwirtschaftlich genutzten Landes sein. Um dies zu verhindern oder zu beheben, werden die Sauger- und Sammelleitungen bei Bedarf mit Hochdruck gespült. Zu diesem Zweck müssen die Leitungen an mindestens einer Stelle frei gelegt und geöffnet werden. Stellt man fest, dass eine Saugerleitung Rohrbrüche aufweist, werden diese im Rahmen des ordentlichen Unterhalts saniert. Reicht die Saugerleistung aus diversen Gründen nicht mehr aus, werden Leitungsnetze fallweise verdichtet.
Das Spülen mit Hochdruck bedingt die Ausrüstung mit einem speziellen Spülgerät, das auf Moorraupen montiert ist, um die Schäden durch Bodenverdichtungen zu vermeiden. Da zum Öffnen der Sauger- und Sammlerleitungen zudem Bagger erforderlich sind, werden die Spülaufträge extern ausgeführt – natürlich unter strenger Aufsicht des Werks. Da beim Öffnen der Löcher zu Spülzwecken die Grasnarbe verletzt werden muss, werden die Arbeiten vorwiegend ausserhalb der Vegetationsperiode ausgeführt. Damit entsteht nur ein minimaler Ertragsausfall in der folgenden Saison.
Die Funktion der sieben werkeigenen Pumpstationen ist niveaugesteuert. Wird in einem Stapelbecken ein definiertes Niveau erreicht, schalten die entsprechende Pumpe und die vorgeschaltete Rechenputzanlage automatisch ein. Auch das Ausschalten erfolgt automatisch. Zu den wesentlichen Unterhaltsarbeiten zählen insbesondere das Entfernen des Rechenguts, die Funktionskontrolle, sowie die Wartung der Maschinen in genau definierten Intervallen. In Abständen von einigen Jahren erfolgt die Kontrolle des Spiels des Laufrades im Laufradmantel – das heisst, es wird der Schlupf des beweglichen Teils und damit der Wirkungsgrad der Pumpe überprüft. Die einzelnen Pumpen werden nach Bedarf demontiert, ins Werk des Pumpenherstellers transportiert und dort einer gründlichen Werksrevision unterzogen. Die sieben werkeigenen Pumpstationen förderten im Jahr 2005 während 12'500 Stunden ca. 19.3 Millionen m3 Wasser, was einem Würfel von 270 m Kantenlänge oder einem Bassin von 2 m Tiefe, 50 m Breite und 193 km Länge entspricht.
