Der Aufsichtsrat besteht auf 15 Mitgliedern. Die Regierung des Kantons St. Gallen bestimmt drei und diejenige des Kantons Schwyz zwei Mitglieder. Der Bezirksrat der March und die Gemeinderäte der betroffenen politischen Gemeinden (Benken SG, Kaltbrunn, Reichenburg, Schänis, Schmerikon, Schübelbach, Tuggen, Uznach und Wangen SZ) bestimmen je ein Mitglied.
Zu den Aufgaben gehören insbesondere der Erlass ergänzender Vorschriften und Reglemente sowie die Wahl der Mitglieder der Rekurskommission. Daneben genehmigt er Voranschlag, Jahresbericht und Rechnung sowie Ausgaben und Finanzplan. Die abschliessende Liste der Aufgaben findet sich in Art. 13 der Interkantonalen Vereinbarung.
Die Verwaltungskommission besteht aus sieben Mitgliedern. Diese dürfen nicht dem Aufsichtsrat angehören. Die Regierung des Kantons St. Gallen bestimmt drei, die Regierung des Kantons Schwyz zwei Mitglieder. Die beteiligten politischen Gemeinden des Kantons Schwyz und die beteiligten Gemeinden des Kantons St. Gallen bestimmen je ein Mitglied.
Zu den Aufgaben zählen insbesondere die Vertretung des Werks nach aussen sowie die Wahl und Beaufsichtigung der Leitung. Daneben liegt in ihrem Kompetenzbereich die Erarbeitung des Umgrenzungsplanes und von Bewirtschaftungskonzepten, die Auflage von Ausbauprojekten, die Überwachung des Werks sowie die Erstellung von Voranschlag, Jahresbericht, Rechnung sowie Aufgaben- und Finanzplan. Die abschliessende Liste der Aufgaben ist in Art. 15 IKV definiert.
Die Rekurskommission besteht aus drei Mitgliedern und zwei Ersatzmitgliedern.
Sie entscheidet über Rekurse gegen Verfügungen der Verwaltungskommission sowie über Verantwortlichkeitsklagen.
Die Zusammensetzung der Kommission und die abschliessende Liste der Aufgaben sind in Art. 18 und 19 der IKV definiert.
Die Regierungen der Vertragskantone regeln die Finanzkontrolle. Momentan wird die Finanzkontrolle durch die beiden kantonalen Fachstellen im Turnus von vier Jahren wahrgenommen. Zuständig für die Amtsperiode 2009 bis 2012 ist die Finanzkontrolle des Kantons Schwyz. Die Kontrollstelle prüft die Rechnung und erstattet dem Aufsichtsrat Bericht und Antrag.
Die Leitung ist für die ordentliche Geschäftsführung, namentlich für die Führung und Überwachung der Werkgruppe zuständig. Daneben bestreitet die Leitung die Vorbereitung der Geschäfte der Verwaltungskommission und des Aufsichtsrats. Sie ist auch zuständig für Überwachung, Planung und Leitung von Unterhalt und Ausbau der Werkanlagen.
Die Leitung wird wahrgenommen durch:
