Seit dem Jahr 2003 wurden alle elektrotechnischen Anlagen (durchwegs 50 Jahre alte Mittelspannungsanlage, Trafos, Schalter, Niederspannungsverteilung und Steuerung) schrittweise ersetzt und den neuesten betrieblichen und sicherheitstechnischen Anforderungen angepasst. Gleichzeitig wurde das entsprechende Sicherheitskonzept erstellt. Die Erneuerung der elektrotechnischen Anlagen wurde bei den Pumpwerken Uznach und Tuggen in den Jahren 2003 und 2004 abgeschlossen. Im Jahr 2005 wurde schliesslich auch das dritte grosse Pumpwerk (Grynau) erneuert.
Zur Entnahme von Rechengut aus den Kanälen und zur Verhinderung von Schäden an den einzelnen Propellerpumpen wurden in den Pumpwerken Tuggen und Grynau je drei neue Rechenputzanlagen installiert und in Betrieb genommen.
Im Jahr 1992 beschlossen die Linthebene-Melioration und das damalige Eidgenössische Militärdepartement mit einer Rahmenvereinbarung die Sanierung des Strassennetzes für gepanzerte Fahrzeuge.
Bis ins Jahr 2006 konnten dadurch 21 km Strassen erneuert werden. In einem lezten Schritt wurden im Jahr 2008 einzelne Strassen mit militärischen Fahrverboten ausgestattet. Die sanierten Strassen stellen ein qualitativ gutes Grundnetz innerhalb der Flurstrassen der Linthebene-Melioration dar. Da in der Ebene künftig nur noch beschränkt mit Raupenfahrzeugen gerechnet wird, hat das eidgenössische Departement für Verteidigung, Bevölkerungsschutz und Sport die Rahmenvereinbarung per Ende 2006 gekündigt. Die Nachfolgeregelung für den weiteren Unterhalt der Strassen ist vertraglich festgelegt.
Wenn Flurstrassen in schlechtem Zustand sind, sodass sie Schlaglöcher, Verdrückungen, Senkungen und Netzrisse aufweisen, genügen Unterhaltsarbeiten für die Erhaltung der Strasse nicht mehr. In diesem Fall müssen sie erneuert werden. Auf den Flurstrassen der Linthebene-Melioration gelangen derzeit drei Verfahren zur Anwendung:
Ortsmischverfahren: Der bestehende Belag und der Koffer werden gefräst, mit Wasser und Zement vermischt und als stabilisierte Planie (ähnlich Beton) wieder eingebaut. Darauf wird eine bituminöse Tragdeckschicht eingebaut.
Granulierungsverfahren: Der bestehende Belag und der Koffer werden gefräst und als Kiesplanie wieder eingebaut. Darüber wird eine bituminöse Tragdeckschicht eingebaut.
Verstärkung/Hocheinbau: Auf dem bestehenden bituminösen Belag wird eine minimal 6 cm dicke Tragdeckschicht eingebaut.
Folgende Strassen wurden seit 2006 erneuert:
2006 Benken Rosenbergerstrasse 820 m Ortsmischverfahren
2007 Benken Staffelrietstrasse 420 m Verstärkung/Hocheinbau
2007 Schänis Dörflerrietstrasse 170 m Ortsmischverfahren
2007 Schänis Wichlenstrasse 550 m Ortsmischverfahren/Verstärkung
2007 Tuggen Rütelistrasse 460 m Granulierungsverfahren
2008 Schänis Gastermattstrasse 600 m Ortsmischverfahren
2008 Reichenburg Burststrasse 190 m Granulierungsverfahren
2008 Reichenburg Burststrasse 160 m Verstärkung/Hocheinbau
2008 Benken Rebhofstrasse 380 m Verstärkung/Hocheinbau
2009 Schübelbach Hügelackerweg 270 m Verstärkung/Hocheinbau
2009 Reichenburg Burststrasse 270 m Granulierungsverfahren
Die Strassenerneuerungen auf Benkner Boden sind zudem Massnahmen aus dem Landwirtschaftlichen Vorprojekt „Benken plus"
Zwischen dem Bahnübergang Widen (Benken) und Schänis wurden an vier zusätzlichen Stellen unüberwachte Bahnübergänge betrieben. Um die Gefahrensituation insbesondere bei Nebel zu entschärfen, wurden in enger Zusammenarbeit mit den SBB zwei Übergänge geschlossen und zwei mit automatischen Barrieren versehen. Zudem musste zur rückwärtigen Erschliessung zweier Liegenschaften eine neue Brücke über den Maseltrangerbach erstellt werden.
Die meisten der 72 Brücken der Linthebene-Melioration wurden in den 1940er und 1950er Jahren erstellt. Einzelne davon haben inzwischen ihre Lebensdauer erreicht und weisen deutliche Schäden auf. Zudem genügen sie meist bezüglich der Tragfähigkeit nicht mehr den Anforderungen, welche die Landwirtschaft heute an die Brücken stellt.
Neben herkömmlichen Unterhaltsarbeiten an den Brücken lässt die Linthebene-Melioration auch Brücken vollständig erneuern. Folgende Brücken wurden seit 2000 erneuert (Ersatz):
2001 Schänis Brücke bei Rufner Zopf, Rufibach
2002 Benken Obere Aubachbrücke
2003 Tuggen Brücke im Doggen, Wildbachkanal
2008 Schänis Obere Selletgrabenbrücke
2008 Benken Mittlere Aubachbrücke
2009 Benken D3-Kanal-Brücke
